Les principaux ennemis de la posidonie sont la saupe et l'oursin car elle leur sert de nourriturre et d'abri . Quelquefois, il arrive que la posidonie soit complètement tondue à cause des bancs de saupes trop affamées.
Une algue d'origine tropicale, la Caulerpa taxifolia détruit la posidonie.
Elle a des feuilles plus grandes, se reproduit très vite par bouturage, elle contient des toxines et étouffe en les recouvrant les champs de posidonies.