Les ancres de bateaux arrachent les plantes, les égouts causent un empoisonnement chimique de la mer et entraînent un manque de lumière. Les déchets (plastiques, bouteilles...) étouffent les herbiers et empêchent la lumière de passer. Les rejets chimiques polluent et tuent la posidonie.
L'homme en construisant des digues, des ports ou des plages artificielles détruit également les herbiers.