Au XVIIème siècle, les îles servaient à protéger Marseille des épidémies comme la peste ou la fièvre jaune. Les bateaux s'arrêtaient d'abord aux îles avant d'entrer à Marseille. Malgré tout, cela n'a pas été efficace puisque le bateau "Le grand Saint-Antoine" a apporté la peste à Marseille puis dans toute la Provence en 1720.