C'est Louis XIV qui a fait construire par le Chevalier de Clerville la tour du Fanal, tour de guet, vers 1670 et qui a fait fortifier l'ensemble du fort. Il avait prévu d'autres travaux mais les notables de Marseillais s'y sont opposés. Les Marseillais étaient indociles et Louis XIV avait fait placer des canons vers la ville qu'il appelait " la ville sans nom ".

En 1794, 107 soldats de la révolution étaient en garnison dans le Fort devenu à la fois caserne et prison. Considérés comme des terroristes par les royalistes, ils sont massacrés par eux dans le Fort Saint Jean.